看日志發現說由于mysql程序升級了，需要運行mysql_upgrade升級一下mysql里面的數據庫，這個比較簡單，和mysql命令用法是一樣的，運行一遍就ok了。然后發現還是無法關閉innodb，很奇怪，查了下發現原來mysql5.5默認使用innodb了，所以無法簡單的關閉掉，還要設置一下默認使用的引擎為myisam才可以，在my.cnf里加上如下兩句：

代碼如下:
default-storage-engine=MYISAM
innodb=OFF

重啟mysql，然后刪掉那三個討厭的文件即可。

MySQL 5.6 禁用INNODB

INNODB是MySQL被ORACLE收購后開發的，支持事務和行級鎖等高級功能，但是并不是所有人都需要INNODB的，對大部分人來說，以前的MYISAM引擎就夠了，一般會選擇將默認引擎改為MYISAM，但是INNODB還是會耗費內存和硬盤，這時候，就需要把INNODB徹底禁用。

在以前的MySQL中，一般可以這么設置就行了：

代碼如下:
default-storage-engine=MYISAM
skip-innodb

但是在最新的MySQL5.6里，這么設置是沒法啟動的，需要再增加一句設置：

代碼如下:
default-tmp-storage-engine=MYISAM

不僅如此，還需要添加以下配置，否則程序會很容易退出的：

代碼如下:
loose-innodb-trx=0
loose-innodb-locks=0
loose-innodb-lock-waits=0
loose-innodb-cmp=0
loose-innodb-cmp-per-index=0
loose-innodb-cmp-per-index-reset=0
loose-innodb-cmp-reset=0
loose-innodb-cmpmem=0
loose-innodb-cmpmem-reset=0
loose-innodb-buffer-page=0
loose-innodb-buffer-page-lru=0
loose-innodb-buffer-pool-stats=0
loose-innodb-metrics=0
loose-innodb-ft-default-stopword=0
loose-innodb-ft-inserted=0
loose-innodb-ft-deleted=0
loose-innodb-ft-being-deleted=0
loose-innodb-ft-config=0
loose-innodb-ft-index-cache=0
loose-innodb-ft-index-table=0
loose-innodb-sys-tables=0
loose-innodb-sys-tablestats=0
loose-innodb-sys-indexes=0
loose-innodb-sys-columns=0
loose-innodb-sys-fields=0
loose-innodb-sys-foreign=0
loose-innodb-sys-foreign-cols=0

摘自http://docs.oracle.com/cd/E17952_01/refman-5.6-en/innodb-turning-off.html

另外MYSQL 5.6 比 5.5占用了更多的物理內存，虛擬內存跟5.5使用差不多（5.5也是一個虛擬內存消耗大戶）。性能上比5.5提升了30%左右（根據官方文檔，沒作具體測試）。

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