1.標的差異：

相較滬港通，深港通下的港股通增加了，市值50億港幣以上的恒生綜合小型股指數成份股，最大的區別在于深市有中小板和創業板，深市的成長股是滬港通和港股市場的補充。與滬港通類比，深港通的標的不局限于A/H股同時上市，而將包含深市成分股，由于深市成分股與滬市有很大區別，這將豐富香港投資者的投資范圍，但中國的高估值成長股能否得到香港投資者認同有很大懸念。

2.結算差異：

滬港通、深港通分開換匯、結算、清算、交收、申報等；凍結匯率相同，實際換匯不同。

3.前端操作：

客戶前端區分滬港通、深港通進行分開交易操作：

4.不能交叉賣出，但資金可以交叉使用：

即使有同一股票，公司行為等也須分開獨立申報。

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