貸款利率：商貸的基準利率是4.9%，公積金貸款利率是3.25%。（都為五年期以上，商貸按銀行不同會有上浮利率情況）

貸款流程：商業貸款要在辦理過戶之前審核貸款，公積金貸款也是在辦理過戶之前審核貸款。（其中省公積金需要在過戶之后由公積金管理中心審批之后再放款）

審批時間：根據個人材料有所不同，相比之下商業貸款略快。

貸款來源：商業貸款放款源頭的來源主要是商業銀行等放貸機構籌集的社會公眾資金，而公積金房屋貸款則是公積金繳費者繳納的資金。

使用人：商業房貸針對所有符合條件的社會公眾開放，而公積金貸款則只對公積金繳納者開放。

利息用途：商業房貸的利息是商業行為的盈利，歸相關的投資人，而公積金利息則是有政策規定用途，只能用于保障性住房建設。

審批機構：商業房貸主要通過銀行審批，決定權在銀行；公積金房貸則需要通過公積金管理中心審批，決定權在公積金管理中心，銀行只是執行機構。

年限和額度：不同銀行和不同城市公積金管理中心規定不同，一般來說商業貸款可以選擇的還貸期更長更靈活，額度更高。

二套房：商業貸款對二套房貸的政策性限制更多，利率更高，而公積金貸款則基本不受二套房貸的政策影響，前提是一套房已經還清，同樣可以享受優惠利率。

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