深圳大學現設有25個教學學院，兩所直屬附屬醫院，96個本科專業。

深圳大學隸屬于廣東省教育廳，是一所綜合類公辦一本大學。建校伊始，學校在高校管理體制上銳意改革，在獎學金、學分制、勤工儉學等方面進行了積極探索，率先在國內實行畢業生不包分配和雙向選擇制度，推行教職員工全員聘任制度和后勤部門社會化管理改革，在全國引起強烈反響。

現有國家級特色專業5個，省級特色專業10個；有省級重點學科15個。有博士學位授權一級學科點10個；博士后科研流動站3個，博士后工作站1個。