1、辦學主體方面：自考的辦學主體是主考院校和省自考辦聯合辦學。考試共分為三個層次：高起專、高起本、自考專升本。函授則是成人高考的辦學主體是各個大學的成教學院。

2、含金量不同：自考的含金量高點，僅次于統招，國家承認的城市也有不少，而且國外的有二十多個國家承認自考本科。函授的含金量就沒有那么高了，雖然是國家承認的學歷，但是在很多城市是不會承認的，而且其他國家就很少有承認我國函授學歷。而且函授在找工作的時候，基本沒什么用，在職的考慮晉升學歷的，提升待遇的可以考慮一下。

3、證書公章不同：函授文憑是各大學成教學院頒發，畢業證書只有成教學院的公章；自考文憑是主考院校和省自考辦頒發，有主考院校的和省自考委的公章。